Předkládaný projekt INTERREG V poprvé v historii umožní realizovat společně připravený přeshraniční monitoring a tím fakticky zahájit jednotný program monitoring v prostoru obou národních parků, které byly oceněny certifikátem „Transboundary Parks“. Cílem projektu je vytvořit funkční infrastrukturu přeshraniční monitorační sítě a poprvé v historii provést za využití standardizovaných moderních metod monitoring biodiversity lesů, rašelinišť a vod v obou národních parcích. Dále projekt umožní sdílení a vyhodnocení dat ze společně vytvořené databance biodiversity. Zjištěné výsledky budou významným podkladem pro další kroky směřující ke sbližování ochranářského managementu ve společně sdíleném prostoru česko-bavorské Šumavy. Přeshraniční uplatnění standardních metodických postupů umožní vytvoření jednotného souboru dat, který bude hodnotným podkladem pro zkvalitnění ochranářské i vědecké spolupráce sousedních NP. Tímto budou překonány obtíže ve sdílení dat a porovnání výsledků získaných na území sousedních NP různými metodami zaznamenané v minulosti. S novým projektem dojde k významnému zkvalitnění podmínek pro další spolupráci v péči o území sousedních NP. Získaná data o biodiversitě území budou cenným podkladem pro ochranářský management i další vědecké poznání přeshraničního území Šumavy. Moderní vědecké poznatky jsou nezbytným podkladem pro zodpovědnou správu území i související politická rozhodnutí. Zároveň aktuální vědecké poznatky uplatňované při správě území přivádí oba NP na špičku mezi evropskými NP, protože monitorační aktivity a metody budou poprvé přeshraničně dohodnuté a harmonizované. Kromě toho bude z přizpůsobeného a udržitelného využití našeho přírodního dědictví těžit i cestovní ruch. Jak aktuální výzkumy ukazují, pro návštěvníky území je stále větší atrakcí divoká příroda v jádrových území NP, na což bude tento projekt zaměřen prioritně.Přeshraniční území Šumavy poskytuje velké množství ekosystémových služeb a průběžný monitoring jejich kvality je nezbytnou součástí zodpovědné správy tohoto území. Aktuálně k nejvýznamnějším sledovaným aspektům patří především obnova ekosystémů po acidifikaci a velkoplošných disturbancích, kvalita vody a druhová diversita. Obě velkoplošná chráněná poskytují důležité kulturní (např. rekreace), zaopatřovací (např. pitná voda, přirozená stanoviště), regulovací (např. protipovodňová ochrana) a podpůrné (např. koloběh živin) ekosystémové služby a plní nenahraditelnou funkci tzv. „kontrolních“ nebo lépe „referenčních“ ploch v projektech dlouhodobého výzkumu a monitoringu a umožňují lépe porozumět změnám ekosystémů, které se odehrávají také v okolní kulturní krajině. Tento význam chráněných území poroste stále více především v souvislosti s důsledky klimatické změny. Předkládaný projekt přinese řadu predikcí pro optimalizaci managementu přeshraničního regionu v době klimatické změny, jejíž důsledky již nyní zažíváme. Výstupy projektu budou významným podkladem při péči i o další velkoplošná území.